вы наверное смоделировали не все ситуации
почитайте как в игре рассчитываются верующие: http://civgames.com/4435
Как видно из исходника функция SetPopulation не добавляет очков ни одной религии.
Изменение числа последователей происходит только из-за нового размера города, новый чел причисляется одной из представленных религий на основе существующего соотношения очков.
ps вообще этот исходник какой-то подозрительный, сейчас скачаю со стима посмотрю в подлиннике так сказать..