Непонятно какие именно файлы, но самый простой способ поместить их в каталог своего мода или (CustomAssets) Art/Structures/Cities и переименовать в eu_mod_building.dds и mod_eu.nif. Тогда правда сменится вид города не только в будущем, но и в современности.
Если хочешь создать отдельный вид города для будущего, то переименовывать не надо, но придется редактировать CIV4CityLSystem.xml и CIV4PlotLSystem.xml из XML\Buildings. Это проще сделать, чем объяснить в двух словах...