Могут, только не юниты, а проект, а именно СОИ. Проект повышает вероятность перехвата на 75% (т.е. теоретически одна из 4 ракет противника достигнет цели, что не так уж и плохо). Правда появляется достаточно позже, с технологией лазера. Так, что если знаете, что противник строит Манхетенн, либо найдите уран, либо все деньги на изучение лазера
Так же имеет смысл строить бункера в больших городах - снижает урон наносимый ракетой.