1. отъезд из малых городов регулируется модификатором локального счастья. чем важнее локальное счастье, тем больший штраф к процветанию получают большие города. также влияет форма зависимости от продуктивности. там вроде логарифмическая формула, через коэффициенты можно регулировать крутизну функции. в общем имхо лучше с этими параметрами играть чем вводить новые.
2. тут я не в курсе, мало играл с модом и не на всех картах. скажу что сильно ограничивать миграцию для ранних эр я бы не стал т.к. большая часть игры проходит в них, а до поздних редко кто доигрывает и там уже все решено практически, так что какой смысл делать механику которая ни на что особо не влияет. зависимость дистанции от размера карты можно сделать, например не в тайлах задавать а в % от длины диагонали
3. тут тоже игрокам виднее. мне казалось 12 ходов вполне достаточно чтобы принять меры.

насчет религий, интересное дополнение но можно ли его сделать в lua или потребуется sdk?
эмигрируют часто представители меньшинств, возможно эмигрант должен переносить 100 очков одной из религий представленных в городе включая атеистов. хорошо бы при этом в исходном городе убавить соотв религию на эти 100 очков.