Из второго.

В момент включения модов (проставления галочек) этот порядок включения модов сохраняется игрой. То есть если вы в дальнейшем захотите поменять порядок модов, то уже ничего не получится, поскольку список уже сохранился. Чтобы обнулить список задействованных модов нужно удалить папки cache и ModUserData из "Мои документы\My Games\Sid Meier's Civilization 5".

В данном случае вы применяете update для обновления параметра, игра здесь ещё будет работать, просто обновится последний. Но если бы вы пытались создать 2 новых одинаковых записи, например:
Код:
<GameData>
    <Language_en_US>
        <Row Tag="TXT_KEY_GREAT_PERSON_ERMAK">
            <Text>Ермак Тимофеевич</Text>
        </Row>
    </Language_RU_RU>
</GameData>

<GameData>
    <Language_en_US>
        <Row Tag="TXT_KEY_GREAT_PERSON_ERMAK">
            <Text>Ермак Тимофеевич</Text>
        </Row>
    </Language_RU_RU>
</GameData>
То игра бы проигнорировала обе записи, и в итоге вместо текста появилась бы надпись (тэг) TXT_KEY_GREAT_PERSON_ERMAK