Вам не ответил никто. Может уже не актуально, но все же...
Начнем со второй части вопроса. DLC-версия позволяет запускать игру "как обычно" вы это делаете на девственно чистой игре от Сида Майера. При этом все нововведения уже интегрируются в игру. Мод-версия требует запуск игры через меню "Модификации". Однако, если вы будете использовать другие дополнительные моды, то вам так и так нужно использовать это меню. Т.е., вы можете установить мод-версию и все запускать через Модификацию.
Но в дополнительных модах встречаются такие, которые требуют наличия именно DLC-версии. Если вы не планируете их использовать, то ставьте мод-версию, поскольку это дает возможность запускать оригинальную игру (только зачем?). А если планируете использовать все навороты, то придется ставить DLC-версию.
DLC-версия значительно улучшает игровой интерфейс, что, на мой взгляд, перевешивает более сложный процесс установи и невозможность оперативного включения/выключения этого дополнения в программе. В любом случае, если вы захотите вернуться к оригинальной версии, всегда можно просто удалить папку с файлами DLC-версии.