Windows хранит резервные копии системных файлов (правда я не знаю считается ли DirectX сисетемным). Проверить файлы можно с помощью команды sfc (нужны права администратора).
Возможные варианты, которые могут помочь:
sfc /SCANNOW
sfc /SCANFILE=<путь к файлу MSVCR90.dll>
sfc проверяет контрольную сумму файла, если она не верна, заменяет файл на "правильный"

Также можно проверить диск на ошибки командой CHKDSK
например, CHKDSK C: /F /R (система может сказать что диск занят и предложит проверить при следующей загрузке)