Ну, у поздних религий и так бонусы очень сильные по сравнению с ранними, особенно на распространение.

Реформацию ввести планируем (вернее, церковные расколы), а также планируем порезать - особенно на ранних этапах - доходы с Великих Храмов. Ну и я уже упоминал, что доходы с религий в последующих версиях могут быть увязаны с числом цивилизаций и/или городов в игре. Кстати, у "обойденных" собственными религиями ИИ на более поздних этапах наблюдал еще одну очень похвальную стратегию - нахватать себе побольше религий в города и перейти на Free Religion.

Религия - это вообще чуть ли не главная головная боль в плане баланса.