... Игра установлена в стандартную папку но в другой диск.
Стандартную это какую? Если это где-то в Program Files, то лучше не туда, а в отдельную директорию (например, D\Civ3), так как некоторые программы W7 блокирует, не давая им нормально записывать на диск.
В Program Files лучше ничего кроме софта не устанавливать, а вообще циве3 разве есть дело до каких-то там разрешений?
Цива3 одна из немногих игр, что спокойно играется даже с флешки, без багов и вылетов.
Как раз с флешки будет лучше всего, так как там точно ничего не запрещено. До прав доступа есть дело всем, блокируется все, что не разрешено, а Pogram Files ... вообще без прав администратора недоступна даже пользователю.