Тормоза возникают по причине большого числа наций и огромного числа отрядов. Немного помогает сохранить игру, выйти, потом заново загрузиться. Спасает на несколько сотен ходов. Похоже, недоработка самой "Цивилизации".
Ну, и к концу игры, когда весь мир захвачен, число стран резко сокращено стараниями игрока скорость сильно возрастает.