Прокачка Cargo в в XML обозначена как PROMOTION_CARGO и номер. Свойства прокачек задаются в Civ5UnitPromotions.xml

А бесплатные прокачки даются юнитам через тег Unit_FreePromotions в Civ5Units.xml

Для ракетного крейсера это выглядит так

Код:
		<Row>
			<UnitType>UNIT_MISSILE_CRUISER</UnitType>
			<PromotionType>PROMOTION_CARGO_III</PromotionType>
		</Row>
Если поменять тут III на IV, на крейсер можно будет поместить 4 ракеты.

Можно попробовать добавить крейсеру дополнительную прокачку Cargo -

Код:
		<Row>
			<UnitType>UNIT_MISSILE_CRUISER</UnitType>
			<PromotionType>PROMOTION_CARGO_III</PromotionType>
		</Row>
		<Row>
			<UnitType>UNIT_MISSILE_CRUISER</UnitType>
			<PromotionType>PROMOTION_CARGO_II</PromotionType>
		</Row>
- тогда по идее в данном случае вместимость будет 5.