Специально зарегистрировался, что бы, возможно, открыть глаза на суть проблемы с увеличивающимися тормозами по мере продвижения к концу игры.
Итак, всё как есть (применительно к Цивилизации 4) описано автором неофициального исправления на Хабрахабре: http://habrahabr.ru/blogs/crazydev/110395/
Скорее всего те же грабли присутствуют и в Цивилизации 5.

В комментариях к своей статье 22 декабря автор фикса написал:
Для начала бы сам патч сделать далеко не факт что в civ5 всё так же хорошо сложится. В любом случае, уже в процессе.
Будем надеяться, что у него всё получится и в этот раз.