Стоит добавить модификаторы от:
-Расстояния между городами( скорее даже от времени в пути). Само-собой, обратно-пропорциональный. Если путь от цивы к циве не известен, то не мигрируют.
-Время знакомства цивилизаций + длительность соглашения об открытых границах. После контакта будет накапливаться модификатор, скажем до 50%. При открытых границах будет расти до 100%, но если они закроются, то будет снова падать до 50%.

Вселять лучше не в 1 город, а сделать счётчики для каждой цивы и города. Скажем, если у одной цивы 10 счастья, а у другой 20, то, при прочих равных, 1 житель пойдёт в 1, и 2 во 2.