Проверь с установкой "редкие" и "легендарное начало" не кол-во месторождений, а кол-во ресурса в месторождении, может на это влияет?
А, может быть... блин, а мне бы хотелось, что бы ресурсов - всех и люксор и стратегических было мало. Что бы оставались достаточно большие незаселенные местности, потому что ставить там город нет смысла.