1. Да, либо через трейты - без введения нового, а просто добавлением к существующим, либо через здание, которое автоматом будет создаваться в каждом городе при основании (как Дворец) и давать +1 культуры.
2. В SDK. Сделано тут.
3. Не пробовал, но думаю, что просто через XML это не пройдет. Не зря же ввели USE_CAN_FOUND_CITIES_ON_WATER_CALLBACK в PythonCallbackDefines.xml. Но поэкспериментировать можно.
4-5. Если я правильно понял вопрос. Задать бонусы в боях на своей территории в XML не получится.