Твои вопросы, мягкр говоря очень общие и подробный ответ можно было бы сдать на диссертацию, если кто то решился бы отвечать. Так что посмотри сначала раздел туториалов по моддингу Civ3 на их-фанатиках. Если будут конкретные вопросы, то возможно, на них будут и ответы. Основные программы для моддинга Civ3 можешь найти в этой теме.