Создаешь каталог с названием своего мода (допустим, MyMod) в Col2/Mods. В нем создаешь папку Assets\XML и туда копируешь из Col2/Assets/XML нужные тебе для изменения файлы с указанием пути (т.е воссоздаешь-дублируешь структуру оригинальных ассетов).

Сразу можно сказать, что
1. CIV4GameSpeedInfo
2. CIV4TerrainInfos, CIV4FeatureInfos
3. CIV4BonusInfos
8. CIV4TraitInfos
9. CIV4WorldInfo

А почитать именно по Col2 особо нечего, но посмотри на модиках по Civ4. Многие файлы пересекаются.