Чтобы не было ядерного оружия необязательно удалять Манхэттен из игры, достаточно убрать то, что он дает возможность строить ядерное оружие.
Открой (Блокнотом) файл CIVProjectInfos.xml, найди Манхэттен и строчку <bAllowsNukes>1</bAllowsNukes>. Замени значение 1 на 0, сохрани и в новой игре ядерного оружия не будет.
