Настройки должны лежать в профильном файле по примеру цивы, наверное у тебя нет доступа к этой папке. у меня нет колонизации, но она клон цив4. в цив 4 этот файл находится

"C:\Documents and Settings\Admin\Local Settings\Application Data\My Games\Beyond the Sword\Profiles\"

в приведенном примере (для БТС) Admin это мое имя в пользователя - у вас оно другое, но обязательно должно быть английское, с русским будут проблемы. Вместо Beyond the Sword - наверное будет что-то типа colonization.