Я применял для отбивания следующий приём.
Необходимо получить последнего военного отеца-основателя (который даёт отрядам халявную звезду), также необходимо довести Rebel Sentiment до высокого уровня, потому что всё свыше 50% это прямой бонус к силе солдата, например 80% это +30% к силе солдата.
Всё это позволяет даже неопытному драгуну (но который имеет звезду от отца-основателя и 20-30% бонуса от Sentiment), с высокой вероятностью убить здоровый европейский отряд.
Очень редко видел, чтобы драгуны-европейцы бегали отдельно от толпы на 2 клетки, или чтобы атака шла напрямик с моря. Поэтому будем исходить из того, что атака идёт с суши, и скорость войск 1 клетка.
Не знаю, глюк или так задумано, но бонуса в обороне, ни от местности, ни от занятого города где даже кончилось сопротивление, европейцы не получают.

Как только стек европейцев подходит к городу, необходимо вынести его имеющимися в городе драгунами. Обычно ходит не один большой стек, а толпы, соответствующие грузоподъёмности Man-O-War. В начале следующего хода раненые жители заселяются в город и освобождают ружья и лошадей, а здоровые горожане, наоборот, хватают ружья, лошадей, и по следующему кругу. Так можно уничтожить в 3-4 раза больше солдат, чем потерять.

Далее - если стек с артиллерией не удаётся уничтожить за ход, то город надо оставлять. При атаке города артиллерия настолько сильна, что у защиты почти нет шансов.
Как правильно оставлять город: естественно, всех жителей надо уводить. Если нет оружия и лошадей, то выводить их как колонистов. Колонист, кстати, тоже представляет собой некоторую силу - обычно 2, но если в конституции прописать право на ношение оружия, то 3, некоторые отцы-основатели ещё дополнительно увеличивают например силу обращённых коренных жителей. Так, в лесу обращённый получит силу 3 и бонус 100%. Казалось бы, это делает почти невозможным взятие городов с населением 10 и более, но тут другая проблема - колонист не считается боевым, стек таких юнитов уничтожается целиком независимо от размера после единственного поражения. Причём если в стеке есть например полуподбитый солдат - сражаться будет всё равно он, а не здоровый и потому более сильный колонист. Отсюда правильная стратегия при сдаче города- рассредоточить колонистов по одному на пустые клетки, желательно с горами/лесами.

Ещё пара нюансов.
Коренные жители не получают военных профессий. Их можно сделать скаутами, но при этом атаковать такой скаут не может (скаут-свободный колонист способен атаковать).
Момент, когда стоит применять генерала - это если город держит осаду уже несколько ходов и многие жители ранены. Получив опыт, отряды могут одновременно с повышением восстановить половину потерянного здоровья.
Другая проблема - превосходящие морские силы. Из 28 Man-O-War мне удалось вынести всего один, ещё 2 я потопил когда броском захватил город где они остановились. Оставшиеся интенсивно патрулируют пространство, поэтому перегрузить наземные войска на другой берег может быть сложной задачей. А задача такая у меня возникла, потому что остров был захвачен европейцами целиком (по этой причине, кстати, не следует создавать кучу удалённых малонаселённых городов - хоть тут нет Upkeep, как в Civ4, толку от таких городов очень мало, к тому же они могут "разбавить" Rebel Sentiment)
Я для цели переправы сохранил генерала и позже присоединил его к галеону, чтобы галеон с навигацией смог плыть быстрее, чем Man-O-War.

В целом мне баланс игры не понравился - европейцы слишком сильны на море, другие колонии развиваются несбалансировано и либо "уходят в отрыв" и рано становятся жертвой своей европейской сверхдержавы, либо ничего не могут поделать с пиратами и впадают в стагнацию. Других вариантов развития событий не видел...