1) Нет custom house
2) Нет случайных событий (типа, "война в европе" или с индейцами) - при этом один из разработчиков игры в интервью недавнем сказал, что от этой идеи отказались в последний момент для, того, чтобы, по его словам, "не нарушать игровой баланс". А мне кажется, что стало скучнее. В первой версии, например, заходя к индейцами ты мог нарваться на наезд с их стороны. Это было интереснее. И историчнее.
3) Сейчас все ресурсы видны сразу, независимо от наличия леса. В первой - чтобы увидеть ресурс на тайле с лесом, нужно было срубить лес. Тоже был интереснее: вырубая лес, можно было получить приятный бонус.
4) После объявления незавимости часть армии получала бонус. Сейчас этого нет вообще.
5) Установленная в городе пушка, при наличии форта, обстреливала проходящие мимо вражеские корабли. Сейчас этого, по-моему нет, хотя я могу и ошибаться, т.к. вражеские корабли ни разу не проходили мимо - это тоже кстати не очень хорошо - в первой ai достаточно активно использовал пиратов.

Это то, что вспомнил быстро. Наверняка, есть еще.