У меня была сходная проблема, толко имя пользователя было англ., но папка "Мои документы" по русски , и поэтому я думаю сохранялось в C:\Documents and Settings\Mihail\
а авттосевы сохранял как положено в C:\Documents and Settings\Mihail\Мои документы\My Games\Beyond the Sword\Saves\single\auto\ .
переименовал Мои документы в docs и сохраняться стало где и положено.