По поводу учета переданных ценностей, колб и т.д. - считаю лишний геморрой. Если распараллеливаем науку - то меняемся все на все, кто первый выучил - тот и отдает. Или тогда вводить эквивалент колбы/деньги чтоли. И тогда почему "раздельный рассчет"? Почему не доверить его одной из сторон, т.к. расчет будет производиться сразу, то все будет наглядно. Иначе запутаемся в подсчете и будут взаимные претензии.

По начислению сложного процента (счетчика) - я думаю он должен начинать действие после окончания срока действия договора, а не во время него.

Обязательно включить условие по военным взаимоотношениям. Логично, что если совместно учим техи, соответственно воевать не будем. Можно рассмотреть 2 варианта:
1. Полный нейтралитет, т.е. каждый сам принимает решение - помогать/не помогать.
2. Военный союз.

Соответственно, эти взаимоотношения тоже прописываются в договор.