Есть предложение модифицировать шпионаж:
1) наркоторговля: пусть особый невидимый юнит (типа небольшого грузового корабля или наркодилера) перевозит наркотики и продаёт их во вражеских городах. Вы получаете деньги, а противник - повышенный уровень заболеваемости;
2) подкуп представителей власти: это м.б. подкуп чиновников, настоавиающих на заключении союза с вами или продаже вам технологии. Радикальный вариант: ведение переговоров с каким-нибудь генералом или членом правительства враждебной державы с тем, чтобы он взбунтовался и установил свою власть. Возможна гражданская война с расколом страны на два лагеря (как было в циве 2 после захвата столицы). После уничтожения прежнего правящего лидера получаем территориальные/денежные/научные приобретения .
С подкупом м.б. связаны соответствующие квесты.
3) разделение функций разведки и контрразведки. Обычный шпион по сравнению с контрразведчиком имеет пониженный уровень обнаружения шпионов (очень хочется увидеть юниты СМЕРШ'а .