Точно также как и в модах - только изменения идут в оригинальных файлах, а не в модовых
или на крайний случай в CustomAssets копии модированных оригинальных файлов - некоторые патчи в теории (на практике не проверялось) могут их игнорировать при запуске LMA-режима. Всмысле при файлах в CustomAssets во время запуска LMA-режима будут читаться оригинальные.