Прямо в свойствах ярлыка можно.
Создаешь на Рабочем столе ярлык Civ4BeyondSword
И в поле Объект дописываешь:
/ALTROOT="D:\Civ4\Beyond the Sword\" mod="Mods\Final Frontier" language=0

Ps. Про ключ language не знал, спасибо.