Акронис пытается зарезервировать пространство для резервных копий, и возможно загрузчика. Но это необязательно: главное, внимательно следить за настройками. Особенно при установке и первом запуске. Лучше грузиться с компакта (там должен быть мастер создания загрузочных дисков).

От себя добавлю: все разделы от Акрониса корректно подхватываеются Виндой (на остальных ситемах не проверял - должны), а вот Патишн мэйджик 8 после Акрониса - на что-то ругался... (сейчас пользую только PM).
Раз у тебя и так ругается - дерзай!