Насколько позволяют судить мои скромные познания:

Территория начинает давать очки только по прошествии времени. Кажется, 20 ходов.

Так что пока учитываются:

Науки: 2 науки древней эпохи = 2*6,5 = 13 очков.
Чудеса: Дворец = 20 очков.
**Население: 1 чел = 2 очка.

Вот с населением мне не очень понятно, когда и сколько очков дают за каждого чела. Это как-то меняется от настроек игры и я не пойму как.