Можно создать ярлык к Civilization4.exe и там в свойствах (Свойства-Ярлык-Объект) указать путь к нужному моду. Разные ярлыки для разных модов. В данном случае у меня это выглядит так:

Код:
D:\Civ4\Civilization4.exe mod="Mods\Rhye's and Fall of Civilization"
Запускаем ярлык - стартует Ц с модом. Вообще, надо будет поподробней об этом написать как-нибудь.