Можно наклепать ярлыков типа:
Бла-бла-бла\Civilization4.exe /ALTROOT=X:\C4_cnf\orig
и
Бла-бла-бла\Civilization4.exe /ALTROOT=X:\C4_cnf\mod
И никаких проблем с русскими Моими документами и т.д.

ЗЫ: NeverMind'у огромное спасибо за работу (ждал реализации этих ассетов под 1.61, да как-то не досуг было по ихфанатикам ползать).