Забыл сказать - бегония не понимает путей к файлу, где есть пробелы или длина пути больше 255 знаков
таким образом предлагаю создать в корне диска папку (без пробелов в имени) - внутри этой папки ещё две папки - например "old" и "new" и в батнике в корне прописать строки навроде
begonia old\a.xml new\a.xml
begonia old\b.xml new\b.xml
правда в этом случае в папке должна быть бегония
надеюсь понятно объяснил...