Вот если бы все тайлы твоей территории, на которых есть враги, обводились кружочком (как события), было бы намного удобнее =). Хотя я у себя проблемы не замечал.
Плюс совет - поставь мод cultural diversity, там по виду юнита сразу можно сказать, к какой нации относится.
Меня размер флагов устраивает, хоть и играю на 15'' ноуте - по крайней мере не мозолит глаза =). Хотя опцию размера флага можно было бы сделать изменяемой.