А что, эффект святого города при завоевании исчезает?

Нет, конечно.

то все нации с этой религией начинают ополчаться на тебя, в том числе можно в итоге получить войну на 5-6 фронтов
Редко одна религия бывает официальной больше, чем в двух странах. Да и не было у меня такого (но не факт, что не бывает). Ну и потом, дипломатия дипломатией, а расширяться тоже надо.