Jorge Никто и никому ничего не должен
Это не может работать, поскольку ярлыки создаются при перезапуске. Сначала разберись, потом советуй.
В строке вызова надо дописать ключик, например, вот так.

F:\Games\Civ4\Civilization4.exe /ALTROOT=f:\games\Civ4_saves