На специализацию города прежде всего влияет возможность постройки районов с высоким бонусом соседства. Вообще научные и священные районы строю с БС не менее 3-х. Обычно больше 3-х. Коммерческие районы (думаю самые важные) у рек и по возможности у гаваней. Культурные у мест, где будут чудеса (на высоких уровнях чудес правда не будет). Расчет мест под промышленные районы сложен - попытайся разобраться используя цивилопедию. Там лучше БС не менее 4х, мне удавалось получить 8. Военные районы для перекрытия опасных направлений, желательно в городе с большим производством. Так же надо забафать первые важные районы правительственной площадью.