Все несколько иначе обстоит. Есть утилиты для упрощения процесса игры, есть для анализа и есть для читерства.
Это явно не одно и тоже.
1. группа Mapstat, civassist - утилиты, которые просто снижают нагрузку при игре, то есть дают более удобную картинку о состоянии дел, нежели сама игра. Ничего сверх того, что можно вычислить из окон городов и советников в них нет. Последствия использования ненаблюдаемы, в принципе.
2. Viewer разного вида и СМТ - программы анализа. Они дают больше инфы, чем можно получить из окон программы. Последствия использования наблюдаемы только в плане уж очень правильного выбора направлений исследования, количества юнитов, подводимых к городам для атаки и т.п..
3. СМТ в режиме редактирования и еще куча програм, которые я даже и не смотрел, лениво больно. Правка реестра. Читерство в чистом виде. Последствия использования наблюдаемы, например, на уровне контрольной суммы файла. Ну и вообще неестественное развитие игры.

Так вот мое мнение на сий счет
1 группа может использоваться всегда, а собственно почему нет? Не хочешь - не пользуйся. У меня, например нет двух часов на ход, чтобы просмотреть состояние каждого города, оценить вероятность флипа, скорости роста за пределы доминирования и т.п. Да и вообще, не царское дело - бухгалтерия.
2. группа может использоваться в играх с разрешенным релоадом, особенно если число релоадов неограничено. Ну какая, на самом деле разница, прогонишь игру на 20 ходов или узнаешь сейчас? В играх с 10% релоадом требуется обсуждение - чего можно, а чего нельзя. Ну и, естественно, анализ игры после ее завершения или завершения какого-то этапа полагаю без ограничений.
3. Может использоваться для отладки и тестирования карт и турниров, для последующего анализа пройденных игр, на предмет что будет, если ... В остальных вариантах - канделябром.