Проблема в том, что столица является целью некоторых политик (например +25% к получаемому золоту в столице) и т.п.
Т.е. просто удаление здания, возможностью уничтожения - ограничиться нельзя.

Есть кстати, мод, на перенос столицы - то есть, вы можете в любой момент построить "дворец" (это национальное чудо) в другом городе и он получит статус столицы (правда после постройки будет пару ходов анархии).А старыый - потеряет. И его уже можно будет уничтожить.