по идее... проверять чьей культуры в городе больше всего, те уз и ую можно строить... но там возникает вопрос с двумя уз тогда... да и города получается будут разные не только при захвате, но и просто если сосед культурой его задавил...
Так в городе же при захвате, если я правильно помню изначальная культура уничтожается. Вот правда с населением не так ясно. Если считать от населения, то может и прокатит. Правда УЗ все равно будет два скорее всего. Но да так даже лучше.

п.с. был ещё интересный компонент StrategicRivers...
Помню такой. Летом запускал, очень понравился, но есть одно НО. Он резко снижал производительность игры, и ходы становились куда дольше. По той причине и не стал добавлять. А проблему с каравеллой и линкором решилась бы очень просто.