Репутация овеяна мраком, как и многие аспекты в 3й части. Хотя принцип действия тот же самый что и в 4ке, где всё видно.

Самый коварный договор - пакт о совместной атаке.
В случае досрочного мира, страна создатель пакта получает штраф к репутации на N срок(честно не скажу какой). После етого, для того чтоб уговорить участвовать в своём пакте другую державу, придётся отвалить всё что есть в казне и то не факт что кто-то согласится на союз с потерявшей доверие державой.
Так что такие договора нужно использовать очень осторожно.
Для ИИ нарушение такого договора создаёт меньше сложностей, много раз видел как такие нарушители опять стотыщьмильонов пактов заключают.
Ещё одна забавная штука: во время захвата городов советую обратить внимание на отношение других держав в пакте, у которых из под носа был захвачен город. Бывает что они становятся даже Яростными, вместо Дружбы.

Право прохода уменьшает шанс войны(но иммунитета не даёт), тк во время действия оного договора нападение режет всю туж мировую репутацию.

Договор о защите всегда был самым корявым, с ИИ его нельзя заключать. Он тут же начинает нападать на всех у кого с тобой хорошие отношения.

На счёт поставки ресурсов. Никогда сам не прерывал, но могу с ходу подсказать способ лёгкой отмены поставок: грабишь клетку(если ресурса не много), а на след ход заного дорогу ложишь. По ходу боевых действий такое случалось и договоры отменялись без потерь отношений.