Я немного пощелкал варианты. Колбы добавляются к науке каждого города (видно в окне города "+2 от религии"), т.е. модификаторы действуют. В столице тоже добавляются 2 колбы после первого торгового пути. Я только не понял как быстро этот самый торговый путь возникает. У меня после основания 2-го города торговый путь возникал только через немалое кол-во ходов (когда новый город уже вырастал до 2 или даже до 3). При всей разведанной территории побережья, конечно.
Подтверждаю - по 2 в окне города, в т.ч. в столице. А немалое количество ходов до их появления связано с открытием колеса