Хотел бы тоже добавить кирпичик ясности к зданию понимания.
Мод – это модификация (изменение) игры с внесением элементов извне (с добавлением файлов) или без таковых (лишь при помощи редактора). Когда модификация имеет изначально установленные условия старта, развития, победы, готовую карту и тд (те имеет сюжет), то в данном случае можно говорить о сценарии (сюжетной модификации).
Во избежании путаницы терминов, целесообразно применять к модификации термин «мод», когда игрок, стартовав его, может выбрать еще условия мира(карты), участвующие цивы и их кол-во, условия победы, длительность игры, ... Т.е. мод – это модификация всей игры.
Термин «сценарий» применим к модификации, имеющей, как правило, уже установленные условия победы, готовую карту, так же возможны еще изначально определенные цивы-участницы, место их старта, взаимоотношений, длительность игры,... Т.е. сценарий – это модификация-сюжет к игре.
Т.о. сценарий – это локальное, более узкое и конкретное проявление мода. Называть сценарий модом не ошибочно, но более обще.