Ну почему же обязательно кто-то должен прийти и заместить? Если вы основываете религию первым из ближайших соседей и будете вести хоть какое-то сопротивление, то ее так просто уже не заменят.
Если вы играете нерелигиозной нацией (майя, эфиопы, кельты), то основать религию требует больших усилий за счёт развития вашей империи. А если эта религиозная нация, ещё и ваш сосед, то сдержать распространение её религии по вашей территории тоже будет требовать усилий. Я не про миссионеров говорю, а про пассивное распространение. Так нафига тогда основывать религию, если можно получиться её от соседа, а время и силы потратить на развитие своей нации?

Здесь я согласен. Не стоит основывать религию поздно, чтобы подобрать остатки от бонусов. Но обычно люди либо нацелены первыми основать религию, либо не основывают ее вообще.
Дело в том, что если играешь нерелигиозной нацией, то основать рано никак не получится (ну, конечно, если не повезло с чудом природы). Да ещё и с каждый чужим пантеоном основание собственного отдаляется. Поэтому лучше сразу в начале игре решать для себя - получил нерелигиозную нацию, забей на религию.

Никаких экономических бонусов не дают
хм, не знал, что бонусами можно считать только экономические

Тут только одна проблема - если соперника устраивают ваши культы, то он захочет получать и бонус основателя, т.е. захватить святой город.
При захвате чужого святого города бонусы основателя не получаешь, но соперник их лишается, да.