На всякий случай даю ссылки:
http://www.civfanatics.ru/entries/447-О-религии
http://civgames.com/4435#more-4435

Разработчики так и задумали, чтобы религия играла роль в начале игры, а к концу постепенно сходила на нет (и превращалась в поставщика очков для великих людей). Естественно, что вложения в религию (как и любые вложения) могут окупиться или не окупиться, поэтому просто брать пантеон и не укреплять его потом религией (или не защищать от вражеской религии), действительно может оказаться не выгодным. А может и успеть окупиться.
Я думаю быстрое расселение всё равно важней, остальным надо заниматься когда что-то мешает расселению.