У меня глаза устают от общей усталости или недосыпания. Также может быть от не оптимального конкретно для тебя разрешения экрана, например, изображение слишком мелкое или, наоборот, зернистое. Это я еще не говорю о несоответствующем данному монитору физическому разрешению (актуально, в основном, для ЖКТ).
В целом, у меня от ЖКТ глаза не устают, как правило, усталость появляется через ~14 часов работы за монитором. Для ЭЛТ такое происходило уже часов через 6.
В случае Термитника, как я понял, ноут остался тем же, сменилась ось. Значит проблема или в отсутствии в текущей оси пресловутого cleartype фонтов или в общей усталости, связанной с освоением новой оси.