Это auto-annex bug. Встречается довольно часто после последних двух патчей, причем до сих пор не пофиксили. После захвата не появляется меню выбора( Pop-up) делать марионеткой или завоевывать (причем после последующей загрузки все города станут анексированными с положенным минусом красных рож).
Лечится сейвом перед захватом и загрузкой после.
Либо у меня работает следующая фича: если сработал авто-аннекс баг, то нажимаем F6 и закрываем окно технологий мышкой на кнопку CLOSE, вылазит меню выбора судьбы захваченного города.

***