Самый простой способ: открываешь файл Civ4ProjectInfo.xml, в его начале находишь...
<div class='quotetop'>Цитата</div>
<Type>PROJECT_MANHATTAN_PROJECT</Type>
<Description>TXT_KEY_PROJECT_MANHATTAN_PROJECT</Description>
<Civilopedia>TXT_KEY_PROJECT_MANHATTAN_PROJECT_PEDIA</Civilopedia>
<Strategy>TXT_KEY_PROJECT_MANHATTAN_PROJECT_STRATEGY</Strategy>
<VictoryPrereq>NONE</VictoryPrereq>
<TechPrereq>TECH_FISSION</TechPrereq>
<AnyonePrereqProject>NONE</AnyonePrereqProject>
<iMaxGlobalInstances>1</iMaxGlobalInstances>
<iMaxTeamInstances>-1</iMaxTeamInstances>
<iCost>1500</iCost>
<iNukeInterception>0</iNukeInterception>
<iTechShare>0</iTechShare>
<EveryoneSpecialUnit>NONE</EveryoneSpecialUnit>
<EveryoneSpecialBuilding>SPECIALBUILDING_BOMB_SHELTER</EveryoneSpecialBuilding>
<bSpaceship>0</bSpaceship>
<bAllowsNukes>1</bAllowsNukes>[/b]
и в выделенной строчке меняешь значение на 0. В результате ядерное оружие в игре будет недоступно.